La carqueja es una fuente rica de flavonoides. Ciertos flavonoides, como la silimarina en el cardo mariano, han demostrado propiedades protectoras del hígado y se utilizan para muchas afecciones hepáticas en los sistemas de la medicina herbaria. La carqueja es más bien como la versión sudamericana de la leche de cardo. Contiene hasta un 20% de flavonoides, como la quercetina, luteolina, nepetin, apigenina, y hispidulin. Los flavonoides se consideran los componentes principales de carqueja activa. Varios químicos de las plantas denominados diterpenoides clerodano, han sido identificados en la carqueja y, en 1994, unos científicos demostraron que estas sustancias químicas tiene efectos máximos contra los gusanos. Esto podría explicar la larga historia de uso de carqueja como un agente para expulsar lombrices intestinales.
La carqueja contiene muchos productos químicos: ácido 3,5-dicafeoilquínico, alfa-felandreno, alfa-terpineno, ylangene alfa-, beta-cariofileno, beta-felandreno, beta-pineno, calacorene, camfeno, carquejol, cirsimaritin, diterpenoides clerodano, elemol, eriodictiol , aceites esenciales, eudesmol, eugenol, eupatorin, eupatrin, farneseno, farnesol, flavonoides, genkwanin, D germacreno, glucósidos, hispidium, hispidulin, ledol, limoneno, linalol, luteolina, muuroleno, mirceno, neptin, nerolidol, palustrol, pentadecanol, la quercetina , resinas, sabineno, saponinas, spatholenol, spathulenol, escualeno, terpinoleno, viridiflorene, y viridiflorol.