Ha habido mucha especulación acerca de dónde provenía el Reiki, pero no ha habido confirmación de muchas ideas. Algunos dicen que el reiki se originó en el budismo ya que contiene conceptos budistas o técnicas. Un maestro de reiki japonés que también es budista ha hecho la investigación histórica de Reiki en Japón. Dijo que no veía la conexión entre el Reiki y el budismo, y que sentía que el Reiki era religiosamente neutral. Mientras que el Dr. Usui pudo haber sido un budista, también había estudiado el cristianismo y había vivido con una familia cristiana por un tiempo. Es claro que había una base muy amplia en muchas enseñanzas religiosas y filosofías
La comprensión más clara y más auténtica que se ha podido descubrir es que el Dr. Usui se originó el sistema de curación que enseñanza y practica basada por primera vez en su experiencia mística en el monte. Kurama y luego, haciendo uso de sus estudios en diferentes áreas del conocimiento. El reiki Usui no tiene ninguna conexión con el budismo, ni está conectado con el budismo tibetano o el chamanismo tibetano o de cualquier otra religión. En una de sus historias, el Dr. Usui descubrió los símbolos de Reiki en un sutra tibetano, pero a pesar de que las personas tienen un aspecto cuidadoso, nadie ha sido capaz de encontrar un sutra tibetano con símbolos de Reiki. Esto se ve validado por el escrito propio del Dr. Usui en el que dice que el Reiki Ryoho es algo absolutamente original y no se puede comparar con cualquier otra cosa espiritual.